兔子脑子里在想什么，远比很多人想象的复杂。蹲在笼子边看它啃干草，一根接着一根不停咀嚼，看上去好像只会进食。换个场景，把同一只兔子放到陌生房间，它会先停住不动，耳朵来回转动，鼻子快速抽动，隔几秒才小心迈出步子。它在评估环境，判断哪里可以躲藏，逃跑路线在哪，有没有危险气味。这个判断过程很短，短到容易被人忽略，但这个思考过程真实存在。
只把兔子当成只会进食的动物，其实小看了它。野外兔子处在食物链底层，狐狸、鹰、蛇、黄鼠狼都是天敌，它不靠力量自保，依靠快速评估风险存活，这套评估就需要大脑参与。实验中给兔子放置陌生物品，比如纸盒，有的兔子会上前嗅闻，有的缩在角落不敢靠近。同一窝出生的兔子，反应差异也很大。如果行为只由本能控制，不会出现这么明显的个体差别。
兔子能够学会不少技能。定点上厕所可以训练，听到特定声音跑过来，或是简单障碍路线通行，都能做到。这类学习包含记忆与关联，不只是简单的条件反射。有相关实验，教会兔子按压杠杆获取食物，兔子学会之后，还能跟着杠杆位置变化调整做法。说明它不是死板执行固定动作，能根据环境改变行为。
不过兔子的思考模式和人类、猫狗都不一样。作为猎物，它大部分认知资源都用来侦测危险，规划逃跑路线。你喊它名字，它可能动一下耳朵，但不会像小狗一样跑过来。不是认不出你的声音，是在它的生存优先级里，回应呼唤的收益，远不如安静观察环境。兔子对你的信任会表现在别的细节上，比如你在旁边时，它敢闭眼趴着，或是翻露出肚子，这是它判定你没有威胁之后，才会做出的动作。
兔子也具备情绪。害怕的时候心跳加速、瞳孔放大，用力跺后脚；放松状态下身体摊平，耳朵向后贴，眼睛半睁半闭。这些状态不是单纯生理反射，会跟着环境切换。你猛地起身，它会立刻从放松转为警觉，这种状态切换，代表它持续感知周遭变化。
很难简单划分，哪些是独立思考，哪些只是进食本能。这种二分法本身就不太合适。兔子吃东西也不完全受本能支配。它会挑食，有的兔子坚决不吃某一种草，换品种就愿意进食。它会挑选食物，记住哪里能找到好吃的草料，避开吃过之后身体不适的食物。中间包含学习、记忆，还有自身偏好，已经超出单纯饿了就吃的范畴。
更贴切的描述是，兔子拥有一套属于自己的认知系统，这套系统围绕生存避险搭建，可以学习、判断、记住事物，但认知复杂度远比不上人类。它不会规划几天后的食物，也没办法设想别的选择带来的不同结果。但当下，它能依靠气味、声音、光线，加上过往经验，做出不完全由本能驱动的判断。哪怕只是决定要不要上前闻纸盒，或是再多等待几秒，这短暂犹豫，就是思考留下的痕迹。
别小看兔子。它安静嚼草的时候，大脑可能正在处理一大堆你察觉不到的信息。兔子没有人类的自我意识，不会反思自己害怕纸盒的原因，但它持续感知、判断，并且根据结果调整自身行为。本能是它生存的基础，在此之上还有别的认知活动，很难精准定义，但绝不只有进食本能。