朱元璋曾经说过一句很有名的话，大意是我养百万军队，不用消耗百姓一粒粮食。听上去像夸大其词，洪武年间大体上确实做到了。卫所制度的底层逻辑很简单，国家划分土地分给军户，军户家里出人当兵，平时耕种土地，战时出征打仗，粮食依靠屯田产出，兵源由军户世袭提供。国库不用额外拨款，百姓不用增加赋税，军队自给自足。这套方案在纸面上计算完全可行。
但纸面规划和实际落地往往存在差距。军屯按人头分配土地，每户五十亩，看着数量不少，五十亩土地产出先要上交子粒粮，剩下的才归农户自己。洪武三十五年定下标准，每一份军田，上交正粮十二石存入屯仓，余粮十二石交给本卫作为官军俸禄口粮。耕种五十亩地一共要上交二十四石粮食，再扣除种子、耕牛、农具维护开销，一家人能不能吃饱，取决于土地质量和年成好坏。西北边地土壤盐碱严重，南方山区坡地土层浅薄，能稳定产出二十四石粮食的土地并不多。军户被固定在土地上，不能随意迁徙更换，收成好坏都必须承担赋税。
军饷发放同样存在问题。明初士兵月粮标准，骑兵每月两石，步兵一石，屯田士兵只能领取一半。后来折色发放越来越普遍，粮食不足就用布匹、宝钞、白银抵扣。折色本身不是坏事，问题出在折算价格不合理。一匹粗布市场价值三四钱银子，官方折算却抵三石米，差价全部由军士承担。史料记载辽东卫所官军折色俸钞经常不足，领到的宝钞大多破旧贬值，价值很低。到正德、嘉靖时期，陕西、固原一带卫所拖欠月粮动辄几十万石，常年不发放属于常态。名义上是国家军人，实际如同被拖欠酬劳的佃农，还要自行置办作战装备。
真正压垮军户的，是军官和权贵侵占屯田。卫所的指挥使、千户、百户手握管理士兵与土地的权力，时间久了，他们把屯田当成私产，把军士当作佃户甚至奴仆。《明实录》记载辽东巡抚张鼐上奏，辽东屯地被豪强官员趁机侵占，屯军被迫赔缴粮食，大量逃亡。还有记录提到，辽东总兵、参将、都指挥、千户等人，挑选勇武军士跟随作战，时间久了变成私人仆从，一户最多占有两三百壮丁，这些人被称作舍余，不用承担兵役。这些人名义属于军队，实际只伺候长官全家。屯田被侵占，军士沦为私役，剩下的人耕种更少土地，却要缴纳同等粮税。这个恶性循环一旦启动，很难停下。
军户逃亡规模十分惊人。正统三年，也就是一四三八年，全国卫所逃亡军士达到一百二十万人，接近额定兵力的一半，这还只是官方统计到的数字。到正德年间，兵部尚书王琼估算逃亡人数已经占到额定数额的八成以上。卫所名册还有名字，营中实际人员寥寥无几。朝廷为补足兵源，推行清军、勾军制度，前往军户原籍抓捕人员顶替。但被勾补的人经常需要长途跋涉，从南方去往北方，水土不服，路费短缺，抵达卫所不久就再次逃走。杨士奇当年就指出这个弊端，南方人到北方死于严寒，北方人到南方死于瘴气，能够顺利抵达卫所的很少，逃亡、死亡的很多。清军还变成地方官吏敲诈勒索的手段，家境富裕的花钱篡改户籍，贫苦百姓反复被勾补。军户的婚姻也受到影响，民户大多不愿意和军户通婚，不少军丁年过四十无法娶妻。这种世袭、无法逃离、受人轻视的身份，没人愿意承担。
这套制度最关键的转折，是它和财政的关系反转。明初卫所可以自给自足，军队屯田产粮，朝廷不用额外拨款。明中叶之后，屯田被侵占、抛荒，屯田收入大幅缩水，军饷缺口扩大，朝廷只能从民粮、盐引、京运银当中补贴。原本养兵不耗百姓粮食，最后变成全国百姓供养两重军队。卫所士兵战力衰退，北方边患持续，朝廷只能大量招募客兵、募兵。募兵需要发放饷银，一旦拖欠容易引发哗变。辽东、宣大等边镇募兵饷银持续上涨，户部年例银从正统年间出现，嘉靖、万历年间急剧增加。卫所没有裁撤，募兵又新增一层，财政承受双重压力。黄宗羲总结卫所弊病，农兵分离之外，又出现军、兵两套体系，最终形成天下百姓供养两重军队的局面。
土木堡之变，集中暴露这套制度的衰败。一四四九年明英宗亲征瓦剌，号称五十万大军，其中大量是京营与各地卫所抽调士兵。士兵平时缺少操练，军官吃空饷，装备账面齐全实际缺失，行军途中就溃败。土木堡战败之后，明朝军事战略转为防御，边镇募兵占比持续提高，卫所士兵退居次要位置，主要承担漕运、守城、治安等杂役。万历时期，卫所彻底丧失野战能力，能作战的基本都是募兵和将领的家丁。
卫所制度实际运行时长需要区分。洪武元年设立卫所，到正统年间大规模用募兵替代，有效运转不到七十年。如果算上名义存续时间，一直延续到明末，大约三百年。但制度存在和有效运行是两回事。洪武到永乐几十年，卫所可以自给，具备作战能力。宣德、正统开始，就需要财政补贴维持，只是保留卫所名义。嘉靖、隆庆之后，卫所只剩下户籍土地管理的外壳，军事职能完全被募兵承接。这套制度前七十年依靠屯田自给，之后两百多年依靠财政输血，所以讨论它能不能稳定运行三百年，答案就藏在逐年上涨的年例银和不断攀升的逃亡记录之中。
朱元璋设计出这套不耗费国库钱粮的军事体系，在地广人稀的洪武年代勉强可行。可人口增长、土地紧张，加上军官贪腐，制度从内部瓦解。财政被迫接手军费之后，明朝军费开支再也无法压缩，最终拖垮户部，加速王朝覆灭。卫所制度的问题不在于设计不够精巧，而是它预设土地、人口结构永久不变，可这两样东西永远处在变化之中。
