杨过面对郭芙时流露出来的种种反应，初次读小说很容易一带而过，重读的时候才会察觉到不对劲。
最明显的一处，就是大小武兄弟欺负杨过那段。按杨过的性子，被人当面羞辱踩脸，这件事能记一辈子，可唯独郭芙那句“你瞧不起我”，一直卡在他心里放不下。华山之上，他戴着面具发狂一个多月，觉得活着没有意思。这种强度的情绪波动，如果放在小龙女离开这件事上还算合理，但单单因为一个从小就处处针对他的娇蛮大小姐，情绪重得有点反常。更别说乱石阵里，他下意识扑过去护住郭芙；绝情谷大厅，枣核钉朝着郭芙飞过去，身体反应快过脑子里的判断。断臂是天大的仇怨，他有无数机会动手报复，却始终没有真正下杀手。金庸写杨过对郭芙，嘴上全是恨意，身体本能却总是护着对方。单纯用年少结下的矛盾解释不通，更像是藏着一份连杨过本人都不愿承认的心思。
郭芙这边也是一样。她一辈子骄纵任性，跟大小武纠缠多年，后来嫁给耶律齐，原本日子可以安稳过下去。可襄阳城下，她向杨过跪下的瞬间，心底冒出来的念头是原来自己一直都在意他。这个想法不是临时冒出来的，前面几十回书里两人一次次针锋相对，还有那些没来由的刁难，到这一刻才被她自己看穿。她对大小武，更像是模仿怎么谈恋爱；对耶律齐，是模仿如何经营婚姻。唯独面对杨过，她的行事方式完全脱离从小习得的教养习惯。一个从小被宠到大，从来不用看别人脸色的姑娘，单单对一个人又怕又恼，心里还始终不服气，本来就很反常。
绝情谷有一段文字写得很冷。杨过身中情花毒，疼得在地上翻滚，天竺僧说断肠草可以解毒。黄蓉听明白了，她说世间没有解不开的恩怨，只有痛到肝肠寸断，才能抚平失去挚爱、身受重创的苦楚。这句话放在杨过身上说得通，放在公孙止和裘千尺身上，贴合度更高。绝情谷名字叫绝情，谷里却长满情花。公孙止在谷里生活大半辈子，修炼闭穴功夫，本意就是强行压制情欲。他真的做到斩断情丝了吗？并没有。他和柔儿私通，之后又亲手杀死柔儿，还挑断妻子裘千尺的筋脉，把她推落地底。绝情谷藏着这样一层逻辑：越是刻意想要断绝感情，情绪就越会以扭曲、带毒、足以致命的形式冒出来。公孙绿萼夹在这对父母中间，最后用自己的性命，了结父母之间这场烂到底的恩怨。
程英这条故事线很容易被读者忽略。她存在感不强，总是安静待在杨过身旁，帮他缝补衣物，写下字条。仔细看她的设定，她是黄药师的关门弟子。当年陆家庄遭遇李莫愁追杀，程英身中毒针，黄药师见到她之后心生怜惜，才把她收在身边。而黄药师和梅超风之间那段往事，在《射雕英雄传》里一直写得隐晦。塑造程英这个人物，很大一部分作用就是收束黄药师的这条暗线。之后她跟着杨过、陆无双同行，陆无双对杨过的心意她看得清清楚楚，自己只默默写下那些无人阅览的字条。后来杨过和程英、陆无双结拜，称呼二人义妹。这种处理方式很有金庸的风格，用兄妹名分直接斩断可能滋生的情愫，干净，却也透着一股冷淡。
李莫愁的故事线不算隐蔽，只是很多读者不愿意往那个方向琢磨。杨过抱过她两次，两次她都没有推开。第一次发生在陆家庄，第二次是在古墓。她本是杀人不眨眼的狠角色，被抱住之后，心里生出心魂俱醉、难以言说的感受。那时候杨过十四五岁，李莫愁已经三十多岁。放到现在来看，这段情节会让人觉得别扭，但金庸写得十分克制，没有继续铺陈细节，只在李莫愁临终，望着燃烧的情花时，写下那句“问世间情为何物”。她恨陆展元，恨到要赶尽杀绝他的家人，可心底有没有装下过别人？杨过那两次拥抱，她身体没有躲闪，内心泛起怎样的波澜，金庸没有明写，留白本身就是一种写法。
还有一条暗线藏在《神雕侠侣》正文之外。郭襄四处寻找杨过，一找就是二十四年，从襄阳一路寻到终南山古墓，始终没能找到。四十岁的时候，她前往峨眉山，创立门派，收徒传艺。她门下弟子取名风陵师太，风陵渡正是十六岁那年，她初次遇见杨过的地方。她把一处地名当作弟子名号，一辈子都没有再多说什么。这条线不在《神雕侠侣》里面，写在《倚天屠龙记》开头几页，却是全书所有暗线里最长的一条，跨越一本书还在延续。
这些暗线有一个共同点，金庸从来没有打算把所有内情直白写出来。他只写人物的动作、眼神，那些没能说出口的话语，还有突如其来的沉默。第一次阅读，只会觉得某些人物行为古怪；重读之后才能读懂，古怪表象之下藏着东西。小龙女和杨过是全书明面上的主线，可读完很久之后，留在读者记忆里的，往往都是这些没有讲透的部分。
