先纠正一个流传很广的说法，XX并不是专门的“女性染色体”，它只是女性普遍拥有的一组性染色体搭配。人类存在X、Y两种性染色体，女性一般是XX，男性一般是XY。X染色体携带大量维持细胞基础生存需要的基因，Y染色体短很多，主要负责调控男性发育以及精子生成。所以两条染色体并不是对等的雌雄配对，更像是X负责保障基础生命运转，Y起到一个开关的作用。
那自然状态下为什么不会出现YY型男性？最直接原因就在受精环节。女性卵子完成减数分裂之后，每一颗卵子只会携带一条X，不可能带有Y染色体。男性精子分为两种类型，一半携带X，另一半携带Y。精子和卵子结合的时候，卵子只能提供X染色体，组合结果只有两种：带X的精子结合卵子，就是XX；带Y的精子结合卵子，就是XY。想要形成YY，需要两个Y染色体结合在一起，但卵子根本没有Y，正常受精过程不可能形成这个组合。两个精子同时进入同一个卵子不属于正常受精，会产生多倍体，胚胎大多无法存活，和YY染色体组合不是一回事。
就算抛开受精过程，人工制造一个带有YY的细胞或者胚胎，它也没办法存活。Y染色体上基因数量太少，维持很多基础生命活动的基因都在X染色体上。缺少X染色体，细胞连基础代谢、蛋白质合成这类基础工作都维持不了，胚胎在发育极早期就会停止生长。一部分自然流产，就是染色体严重失衡造成的，很多时候当事人甚至还不知道自己已经怀孕。所以YY并不是所谓超级男性，在发育最初阶段就无法存活。顺带一提，47,XYY这类个体多一条Y染色体，是可以正常出生的，大多表现为男性。这说明多一条Y本身不会致死，但前提条件是必须拥有一条X。46,YY无法存活，问题在于缺少X，不是Y染色体数量不够。
再说性别遗传必须是XY这个说法，其实并不准确。人类常规男性染色体是46,XY，但真正决定睾丸发育的关键，是Y染色体上的SRY基因。SRY相当于一个开关，启动一连串基因，让原始生殖腺朝着睾丸方向发育，睾酮等激素再继续推动男性生殖道发育。缺少SRY，生殖腺一般会朝着卵巢方向发育。所以存在XX男性，就是SRY基因易位到X或者其他染色体上；也会出现XY女性，原因是SRY基因突变或者缺失。还有雄激素不敏感综合征，染色体是XY，体内存在睾丸，但身体无法响应雄激素，外表偏向女性。由此能看出，XY不是硬性判定标准，SRY基因以及后续激素通路，才是决定性别的核心。
Y染色体最开始并不是这么短小。很久以前，它和X染色体属于同源染色体，就像普通常染色体一样。后来某一类哺乳动物演化出雄性决定基因，Y和X之间不再自由重组，Y染色体开始单独演化。不能重组就没法修复突变，大量基因慢慢失效丢失，剩下的大多是SRY基因，还有一批和精子生成相关的基因。X染色体则保留了大量基因。女性拥有两条X，为了平衡基因剂量，细胞会让其中一条X失活，但不是全部基因都会沉默。男性只有一条X，所以X连锁隐性致病基因更容易发病，这也是部分遗传病男性患者更多的原因。
放到整个动物界来看，XY性别系统也不是唯一方案。鸟类是雌性ZW、雄性ZZ，性别由卵子决定。部分爬行动物的性别由孵化温度决定，完全不依靠性染色体。蜜蜂、蚂蚁又是另一套遗传机制。人类只是哺乳动物里面采用XY这套系统，而且这套系统运行稳定，才让人误以为性别只能这么判定。所以YY型男性不存在，不是有什么规则禁止，而是自然受精没办法形成，就算人为造出这类胚胎，缺少X染色体也无法存活。男性一般需要一条X搭配一条Y，X负责维持生命基础运转，Y调控身体向男性方向发育。
