成吉思汗离世前，对于汗位交接这件事安排得十分清晰。1227年，还在西征行军途中，他就将窝阔台召到身边，当面确定由他继承汗位。按照蒙古旧有的传统，大汗在世时指定继承人，再经由忽里台大会完成确认流程，基本就算敲定。窝阔台在1229年的忽里台大会正式登基，放在当时来看，继位这件事本身合乎规矩。
名分上站得住脚，不等于汗位坐得稳固。
窝阔台一共掌权十三年，期间推进了不少大事。灭掉金朝、发兵攻打南宋，还有远征欧洲的战事，都在他执政阶段启动。可他有一处致命短板，离世太过仓促。1241年冬季，窝阔台外出狩猎，因为饮酒过量，当夜就去世了。他没能像成吉思汗那样，提前妥善敲定继承人。生前他曾随口提过，打算立孙子失烈门，仅仅只是口头想法，没有形成正式的决议。汗位的空缺，立刻引出一堆麻烦。
汗位悬空的阶段，朝政由谁来主持？窝阔台的皇后脱列哥那站了出来。她出身乃蛮部，行事强硬，窝阔台刚去世就临朝称制，把朝廷大权握在手中。按照蒙古的惯例，皇后临朝只是临时代管政务，最终依旧要召开忽里台推选新任大汗。脱列哥那希望自己的儿子贵由登上汗位，但那时贵由还在西征前线，返程耗费了数年时间。这四五年里面，朝堂局面被她搅得混乱。她重用奥都剌合蛮这类擅长理财的官员，和老臣耶律楚材矛盾不断，各地宗王看在眼里，嘴上不会直接发难，心里全都记下了这些矛盾。
1246年，贵由终于返回蒙古，顺利登基。只是他身体状况很差，有人说他饱受痛风困扰，也有人提到他酗酒，登基的时候就已经体弱多病。果不其然，不到两年，1248年春天，贵由在领兵西征拔都的路上骤然离世。关于死因说法众多，有观点认为是疾病发作，还有传言称遭到拔都派人毒杀，没有统一定论。但结果很明确，窝阔台这一支再次失去核心掌权人。
这时候再看拖雷一脉的动向。
拖雷是成吉思汗的幼子，依照蒙古幼子守灶的传统，接手了成吉思汗绝大部分军队与核心领地。拖雷本人早在1232年就已经过世，不过留下几位能力出众的儿子，蒙哥、忽必烈、旭烈兀、阿里不哥。更关键的是，拖雷的妻子唆鲁禾帖尼尚且在世。这名女子，在整场汗权更迭的过程当中起到了决定性作用。
唆鲁禾帖尼来自克烈部，信奉基督教聂斯托利派，做事谨慎稳重。窝阔台掌权的时候，曾经打算分出拖雷麾下一部分军队交给自己的儿子阔端，唆鲁禾帖尼没有直接对抗，选择配合对方，姿态放得很低。私下里她持续推进两件事，一是严格管束几个儿子，让他们在一众宗王之间维持良好名声；二是维系和各方势力的联络，重点对接术赤一脉的拔都。
拔都是术赤的儿子，和窝阔台派系积怨已久。早年西征的时候，拔都和贵由爆发冲突，贵由出言羞辱拔都，称他是带弓箭的妇人，这件事拔都一直记恨在心。贵由去世之后，拔都作为术赤一脉的首领，在宗王之中辈分高，手里兵力雄厚，他的立场能够左右局势。唆鲁禾帖尼抓住这次机会，和拔都结成同盟。
1249年，拔都以长支宗王的身份，在阿勒塔克山召集忽里台大会。他本人没有到场，委派弟弟别儿哥主持会议，推举蒙哥出任大汗。窝阔台系以及察合台系部分宗王拒绝参会，提出这场集会不合规制，应当回到蒙古本土举办。拔都一方没有理会反对声音，坚持推举蒙哥。1251年夏天，阔帖兀阿阑之地举办大会，蒙哥正式登上大汗之位。
窝阔台派系自然不会接受这个结果。失烈门、贵由的两个儿子忽察与脑忽，连同察合台系的也速蒙哥，暗中筹划对抗蒙哥。蒙哥和唆鲁禾帖尼抢先动手。登基没多久，蒙哥就以预谋谋反的罪名，展开大规模清算。失烈门遭到流放，忽察、脑忽被软禁，也速蒙哥被处死。窝阔台派系核心力量，在这场清洗里基本被铲除。
到这一步，汗权从窝阔台一脉转移至拖雷一脉的过程彻底完成。回看这段历史，这次权力转移并不是偶然事件。
窝阔台派系的核心问题，就是窝阔台死后的权力交接没有固定制度支撑。脱列哥那临朝那几年，得罪了大量宗王；贵由在位时间太短，来不及巩固自身势力；贵由离世之后，窝阔台派系内部又分裂成多个阵营，失烈门、忽察、脑忽各有盘算，没法凝聚力量。
拖雷这边的情况刚好相反。唆鲁禾帖尼花费十几年时间，把几个儿子培养成宗王群体里口碑最好的一支，还成功拉拢拔都这个关键盟友。蒙哥本身擅长作战，西征积累大量军功，在宗王群体里拥有威信。加上拖雷一脉继承成吉思汗绝大多数部队，硬实力摆在台面上。
还有一点常常被忽略，蒙古大汗的合法性，从来依靠忽里台推举加上实力支撑，两项条件缺一不可。窝阔台派系有成吉思汗的遗命作为依据，但实力不足；拖雷一脉没有先王遗命，可自身实力充足，还争取到大量宗王支持，先王遗命的分量也就随之下降。1251年之后，蒙古大汗的位置再也没有回到窝阔台派系手中。