外貌由基因缓慢塑造，语言属于文化现象，变化速度很快。二者如同两条独立流动的河道，偶尔交汇，但发展路径互不相同。
为什么中日韩人群长相相近
根源来自共同远古祖源。现代中日韩主体人群，都是远古时期从东亚大陆向外迁徙分化而来。可以类比成同一棵大树分出的几个枝干。数万年前属于同一族群，一部分向北迁移，定居朝鲜半岛、日本列岛，另一部分留在东亚大陆。基因层面，彼此属于近亲。
- 迁徙与人群融合。日本人祖先弥生人，大约三千年前，从中国大陆或是朝鲜半岛渡海迁移到日本。朝鲜半岛古人群，长期和东北亚古人群混合，基因交流没有彻底中断。
- 地理隔离时间较短。非洲人群和欧洲人群分化间隔几十万年，东亚人群分开时间更短，黑色头发、黄肤色，面部轮廓这类外在特征，没有出现巨大差异。
简单比喻，中日韩人群如同分家的三兄弟，祖先同源，五官外貌自然有相似之处。
为什么语言沟通起来几乎无法理解
基因演化速度缓慢，语言文化演化速度很快。基因相近的族群，隔绝数百年，语言就会互相无法听懂。中日韩语言产生巨大差别，有三方面因素。
- 分化时间很早。汉语、日语、朝鲜语底层语言的分化时间，甚至早于东亚人群分化。弥生人携带稻作技术渡海的时候，他们使用的原始语言，已经和大陆原始汉语分开发展。
- 地理隔绝。日本是岛国，朝鲜半岛山地众多，很容易形成语言孤岛。一座大山就可以分隔方言，海洋会进一步拉大语言差异，时间推移差距持续扩大。
- 底层语言替换。族群本身没有更换，但语言体系可能发生替换。古代日本本土原住民使用A语言，渡来人带来B语言，最终B语言成为主流，少量本土词汇保留下来。这种语言更替，掩盖了人群原本的语言亲缘关系。
可以这样理解，两只外形完全一样的狗，一只汪汪叫，另一只叫声完全不同。外形接近，但交流系统完全独立。中日韩就是这种情况，人群基因接近，语言亲缘关系很远。
总结
长相相似，源于共同远古祖先，人群分化时间不够久。 语言差异巨大，源于语言文化演化速度快，隔离环境推动语言持续变化。
可以这样理解中日韩之间的关系，一万年前分开的同族后人，长期各自生活，保留近似外貌，但发展出完全不同的语言。