这个问题很难回答，它触及中日两国底层政治逻辑之间巨大的差异。
直接来讲，幕府将军不是不想登上最高位置，而是客观条件让他不敢，也做不到。
第一，权力来源存在本质区别
日本幕府将军手中的权力，属于一种承包式的授权。天皇被视作神的后裔，血脉代代延续，没有人能够撼动。征夷大将军这个名号，本身就需要由天皇册封，依靠这份名分，将军才能够压制各地藩主。一旦废除天皇，自行登基，将军的身份就变成篡位之人。各地藩主会直接找到起兵讨伐的理由，既然他敢冒犯天皇，其他人自然不必继续服从。所以将军选择将天皇当作名义上的傀儡，不会取而代之。天皇的位置属于神，普通人没有资格坐。
魏晋南北朝时期权臣的权力，依靠征战或是政变夺取。这套体系里面不存在神权绑定的君主概念，天下的归属遵循有德者居之的观念。曹操、司马昭这类人物牢牢掌控兵权，朝堂之中遍布自己的心腹，在他们眼中帝王宝座只是普通的位置。既然随时可以接管，就没必要一直隐忍。
第二，维持统治需要付出的制度成本不一样
日本采用封建体制，各个藩地实行自治管理。幕府由将军掌控，藩主听命于幕府，藩主再管理麾下武士，权力层层拆分。将军不用直接管辖全部武士群体，只要各地大名不发动叛乱，他在幕府内部就能行使大量权力，不需要通过篡位来巩固地位。
古代中国实行中央集权制度。权臣想要掌控全局，就必须控制皇帝。这套体系自带难以化解的矛盾，对皇帝的管控越强，取而代之的想法就越强烈；如果不去推翻君主，皇帝又会伺机清除权臣。汉献帝被曹操挟持期间，一直暗中谋划夺回权力。维持现状，对权臣来说成本极高，要持续防备皇帝、世家大族还有内部势力反叛。长期这样消耗，不如直接自立，一次性解决隐患。
第三，支撑政权的法理逻辑完全不同
在中国，天命是可以发生转移的。百姓评判统治者，看的是能不能安稳生活、稳定时局，不会单纯看重血统是否纯正。曹丕篡汉，存在反对声音，但规模有限，当时汉朝统治已经走向衰败。司马炎取代曹魏，也是同样的道理。一次次朝代更迭，不断强化同一个认知，统治者能力不足，就会被他人取代。这套理念从尧舜禹时代就已经成型，后世权臣也会认为自己同样拥有取而代之的机会。
日本神道教体系和天皇制度深度绑定。天皇是太阳神的直系后代，这份神格无法由其他人继承。就算是能力出众的源赖朝，也只能请求天皇册封征夷大将军。若是将天皇杀害，整个日本的伦理根基都会崩塌，手下武士会率先拒绝服从。
日本幕府将军，更像是守在天皇家门外的守卫，没有必要破门占据主宅。魏晋南北朝的权臣，如同住进主人客厅的客人，时间久了，会觉得这个居所本就属于自己。两套不同的逻辑，造就两种截然不同的结局。